伊万里（佐賀）が大阪桐蔭に敗れ、今大会に２１世紀枠で出場した３校はすべて初戦で姿を消した。
由利工（秋田）は日大三（東京）に０－５、膳所（ぜぜ＝滋賀）は日本航空石川に０－１０とともに完封負け。伊万里は１４失点したが８、９回に１点ずつを奪い満員のアルプス席を沸かせた。
２１世紀枠出場校は昨年に続き２年連続で３校が初戦敗退となった。
０１年から採用された２１世紀枠での出場校配下の通り。
０１ 安積（福島）※宜野座（沖縄）
０２ ※鵡川（北海道）松江北（島根）
０３ 柏崎（新潟）隠岐（島根）
０４ 一関一（岩手）八幡浜（愛媛）
０５ ※一迫商（宮城）高松（香川）
０６ 真岡工（栃木）金沢桜丘（石川）
０７ 都留（山梨）※都城泉ケ丘（宮崎）
０８ ※安房（千葉）※成章（愛知）※華陵（山口）
０９ ※利府（宮城）彦根東（滋賀）大分上野丘（大分）
１０ 山形中央（山形）※向陽（和歌山）川島（徳島）
１１ 大館鳳鳴（秋田）佐渡（新潟）※城南（徳島）
１２ 女満別（北海道）石巻工（宮城）洲本（兵庫）
１３ ※遠軽（北海道）いわき海星（福島）益田翔陽（島根）土佐（高知）
１４ 小山台（東京）海南（和歌山）大島（鹿児島）
１５ 豊橋工（愛知）桐蔭（和歌山）※松山東（愛媛）
１６ ※釜石（岩手）長田（兵庫）小豆島（香川）
１７ 不来方（岩手）多治見（岐阜）中村（高知）
１８ 由利工（秋田）膳所（滋賀）伊万里（佐賀）
※印は１勝以上した学校、最高成績は宜野座と利府の４強