生理的に嫌い、というのは、理由はちゃんとあるが、理由が表現しにくい、ということだろう。嫌いなキャラについて考えること自体が不愉快だから、考えることを拒否し、「生理的に嫌い」と表現するわけだ。

で、実は、私自身、アニメ作品の８割くらいまでは、主人公のキャラが嫌いか、絵柄が嫌いかのどちらかである。まあ、中には、我慢して見ているうちに好きになるものもあるが。
リゼロとは、「ＲＥ.ゼロから始める異世界生活」かと思うが、私もこの主人公が嫌いで、数回で見るのをやめた。とにかく、自己中心的な嫌な性格の主人公で、なんでこんな、誰も好きにならないようなキャラを主人公にしたのか、理解しがたい。しかし、一定のファンはいるようだから、ＲＰＧ的異世界ファンタジーで絵がきれいで女キャラが可愛ければ、それだけでいいという寛大な視聴者も多いのだろう。
「ユーリ！」は、ギャグは少し面白いし、主人公のキャラも悪くはないが、ホモ趣味（一部はギャグとしてのホモだが。）がひどくて見る意欲を無くしてしまった。まあ、男子フィギュアスケートなど、ホモとナルシストの世界だと想像していたが、それをそのまま描いたような作品である。
「だんまち」も「正宗くん」も、確かに不愉快な主人公だった。前者は１，２回で、後者は第一回の途中で切った。コメントにあるように、

  「1話のテニス部の朝練に誘われるところで切ったけど笑 」

が、まさに私とぴったり同じで、この事実が少し面白い。つまり、視聴者が何を不愉快に思うかは、ある程度推定可能だ、ということだろう。この場面の何がそんなに不愉快だったのか、分析は難しいが、「嫌な主人公がいい目を見る」ということが第一に不愉快なのではないか、という気はする。

で、少し複雑なのが、「嫌な性格の主人公」自体を視聴者が嫌うとは限らない、ということである。たとえば、「古畑任三郎」の主人公は明らかに嫌な性格のやつ、として描かれているが、視聴者は彼の言動を見て不快感は感じないはずだ。それは、その嫌な性格が、「無神経な馬鹿」や「傲慢な犯罪者」に対して向けられるものだから、視聴者はかえって溜飲が下がる思いがするし、作品の中でも、彼は嫌な性格の人間が当然受けるべき扱いを受けるから、かえって、その喜劇性を楽しめるわけである。要するに、この作品では主人公は視聴者の「願望実現」のための存在でも、視聴者の分身でもなんでもなく、ただの狂言回しであり、主要キャラというだけだ。視聴者が主人公に感情移入をしながら見るような作品ではない。

要するに、話に「正当性」があるかどうか、ということだ。この正当性とは、まっとうな人格の人間なら自然に感じる、モラル的なものだ。嫌な性格の主人公が、主人公というだけでいい目を見る、というのは、視聴者の願望実現にも何にもなっていない、ということだ。
多くの視聴者は、自分を「いい人間だが、周囲から正当に評価されておらず、運命にも恵まれていない」と思っている。ならば、そういう「いい人間」であることこそが、主人公たる要件であるはずなのである。

「はがない」も「氷菓」も、視聴者が自分自身の「身代わり」「代行」にしたくないタイプの主人公が分不相応ないい目を見るから、一部の視聴者には不愉快に思われるのだと思う。