アニメ版のW3は子供時代にほとんど見られず、中年を過ぎてから市民図書館で漫画版を読んで、その素晴らしさに驚いたのだが、先ほどｄアニメでアニメ版を見て、そのひどさに再度驚いた。漫画版とは設定以外、話としては何も共通点がなく、その話もひどい「やっつけ仕事」である。
これを見て、原作漫画が「この程度の作品だろう」と思われるのは気の毒な話である。まあ、本業の漫画が忙しくて、アニメの大半は（オリジナル脚本も含め）他人に任せきりになったのだろうから、責任は手塚本人にあるのは当然だが、「神様」の汚点になった仕事だと思う。
なお、先ほど見たのは３３話と３４話である。残りは見る気も失せた。

（以下引用）

アニメ版
アニメ版は虫プロダクション製作で、1965年6月6日 - 1966年6月27日にフジテレビ系で全56回（全52話＋リピート放送4回）で放送されたモノクロ作品。オープニングでは「W3」に「ワンダースリー」のルビが振られ、後の主題歌集などでは「ワンダースリー」となっている。提供はロッテ。大まかなプロットは共通しているが、全52話のうち大部分が漫画版とは異なっている。

スタッフ
原作・総監督：手塚治虫
プロデューサー：池内辰夫
プロデューサー補佐：黒川慶二郎
チーフディレクター：杉山卓
OP原画：大塚康生
作画監督：中村和子
作画：杉山卓、中村和子（ボッコ担当）、松尾信吾（プッコ担当）、三輪孝輝（ノッコ担当）、大貫信夫
音楽：宇野誠一郎
美術監督：伊藤主計
音響監督：鈴木芳男
技術監督：山浦栄一
仕上監督：進藤八枝子
演出助手：下崎闊
編集：松浦典良
資料：三上康雄
音響効果･録音：アオイスタジオ
広告代理店：東急エージェンシー
制作進行：下崎闊
制作協力：フジテレビ
制作：虫プロダクション
キャスト
ボッコ：白石冬美
プッコ：近石真介
ノッコ：小島康男
星真一：沢田和子
星光一：金内吉男
星兄弟の母：桜井良子
星兄弟の父：池田一臣
銀河連盟長官 / オープニングナレーター（第22 - 40話）：愛川欽也
各話リスト
第35話までは日曜 19:00 - 19:30より、第36話以降は 月曜 19:30 - 20:00に放送された（東京地域の場合。地方局では放送の曜日や時間帯は異なっていた可能性がある）。

話数 放送日 サブタイトル 脚本 演出
1 1965年
6月6日 宇宙からの三匹 若林一郎 手塚治虫
2 6月13日 24時間の脱出 杉山卓
3 6月20日 シャングリラの謎 鈴木良武
4 6月27日 くすの木物語 柴山達雄
5 7月4日 浮ぶ要塞島 W-3演出部
6 7月11日 摩天楼動物園
7 7月18日 シバの女王 柴山達雄
8 7月25日 サーカスの怪人 杉山卓
9 8月1日 沈むな太陽 杉山卓
富岡厚司
10 8月8日 ミイラ工場 高橋良輔
11 8月15日 北の谷の決闘
（北の谷の決斗） 手塚治虫
12 8月22日 モグラモチ計画 虫プロ文芸部 W-3演出部
13 8月29日 食鉄魚 若林一郎 高橋良輔
14 9月5日 野犬の砦 杉山卓
15 9月12日 犠牲は許されない 北斗輝 高橋良輔
16 9月19日 我が名はエックス
（我が名はＸ） 丘津宏 岸本吉切
17 9月26日 黒いエキス 若林一郎 杉山卓
18 10月3日 サイロ爆破せよ 柏倉敏之 柴山達雄
19 10月10日 フェニックス物語 鈴木良武 斎出光布
20 10月17日 狂った標的 丘津宏 柴山達雄
21 10月24日 火山の追跡
（火山の冒険） 柏倉敏之 岸本吉切
22 10月31日 危険なステージ 丘津宏 杉山卓
23 11月7日 嵐の対決 北斗輝 高橋良輔
24 11月14日 謎の発明家 斎出光布
25 11月21日 死の自動車レース 山崎邦保
杉山卓 杉山卓
26 11月28日 海底にかける橋 柏倉敏之 斎出光布
27 12月5日 ダイヤモンドへの招待 月岡貞夫
28 12月12日 稲妻地帯
（稲妻の谷） 北斗輝 波多正美
29 12月19日 失われた一日
（消された一日） 佐脇徹 岸本吉切
30 12月26日 ペンギン作戦 柏倉敏之 杉山卓
31 1966年
1月2日 奇々怪々
（キキ・カイカイ） 佐脇徹 高橋良輔
32 1月9日 ワンパク合戦
（ちびっこ合戦） 柴山達雄
33 1月16日 四人の魔女 三木瀬たかし 高橋良輔
34 1月23日 雪女 北斗輝 杉山卓
35 1月30日 片目の灰色狼 大沢健一 月岡貞夫
36 2月7日 ジャングルの誓い
（ジャングルのちかい） 北斗輝 斎出光布
37 2月14日 アマゾンの謎
（アマゾンのなぞ） 唐十郎 大貫信夫
38 2月21日 恐怖のスキー大会 三木瀬たかし 岡崎稔
39 2月28日 砂漠の英雄
（サバクの英雄） 唐十郎 岸本吉切
40 3月7日 謎のピアノ
（グランドピアノの秘密） 杉山卓 波多正美
41 3月14日 飛び出せプッコ
（とび出せプッコ） 北斗輝 柴山達雄
42 3月21日 Ｗ３西部を行く
（ワンダースリー西部を行く） 唐十郎 高橋良輔
43 3月28日 宇宙から来たネズミたち
（宇宙からの恋人） 北斗輝 斎出光布
44 4月4日 動く大仏像 高木厚
45 4月11日 人工衛星ドロボー計画
（人工衛星ドロボウ計画） 杉山卓
46 4月18日 大ワニ騒動 三木瀬たかし 杉山卓
47 4月25日 くたばれテキーラ 柏倉敏之 斎出光布
48 5月2日 危険な風船旅行
（危険なフーセン旅行） 三木瀬たかし 大貫信夫
49 5月9日 スモッグミサイル 月岡貞夫
50 5月16日 ヘンテコマシーンでやっつけろ
（てんてこマシーンでやっつけろ） 波多正美
51 5月23日 地底の鯨
（地底のクジラ） 北斗輝 高橋良輔
リピート（第3話） 5月30日 シャングリラの謎 若林一郎 鈴木良武
リピート（第25話） 6月6日 死の自動車レース 山崎邦保
杉山卓 杉山卓
リピート（第24話） 6月13日 謎の発明家 北斗輝 斎出光布
リピート（第19話） 6月20日 フェニックス物語 鈴木良武
52 6月27日 さようならＷ３
（サヨウナラ・ワンダースリー） 手塚治虫 W-3演出部
注記：エピソードのタイトルで丸括弧で括られたものは『虫プロダクション資料集1962－1973』に表記されたものである。

新聞のテレビ欄に書かれたものや実際に放送された画面でのタイトルがどうであったのかは解明が必要。丸括弧の中の方がむしろ正しいかもしれない。脚本や演出についての情報は『虫プロダクション資料集1962－1973』の方には欠落不明な箇所が多い。おそらくこの上の表はLD化やDVD化に際して調査を加えたものであろう。放送期間やリピート放送の存在、第36話以降の放送曜日と時間の変更についても同資料集の記述に拠った。

本番組の後継番組は同じスポンサーによる手塚治虫原作の『マグマ大使』（カラー実写特撮版で製作はピー・プロダクション）であった。 『W3』の第51話から最終話の間に4回のリピート放送が入っているのは，1966年7月4日の『マグマ大使』の放送開始までの準備期間であったということである。