1950年2月6日、北海道で生まれた吾妻。1969年にまんが王（秋田書店）にて「リングサイド・クレージー」でデビューし、1979年には「不条理日記」で第10回星雲賞コミック部門を受賞した。1979年に同人誌・シベールの発行を開始し、美少女マンガで人気を博す。1980年代前半、「オリンポスのポロン」「ななこSOS」がアニメ化された。
1980年代後半から失踪、自殺未遂、重度のアルコール依存症を経験。その記録を綴った「失踪日記」を2005年に刊行し、第34回日本漫画家協会賞大賞、第9回文化庁メディア芸術祭マンガ部門大賞、第10回手塚治虫文化賞マンガ大賞、第37回星雲賞ノンフィクション部門を受賞した。2019年にはイタリアのマンガ賞であるGran Guinigi賞のRiscoperta di un’opera（再発見された作品）部門を受賞するなど、海外での評価も高い。
吾妻は2017年3月、食道がんであることを自身のTwitterで公表。以降、入院を繰り返しながら闘病していた。なお葬儀と告別式は家族のみで執り行われたとのこと。後日、知人やファンも参加できるお別れ会が行われる予定だ。