これは大きな問題だと思うが、国粋主義者や右翼でさえ、日本が「ジャパン」と呼ばれることに異議を申し立てないようだ。
私から見れば「にほん」や「にっぽん」が「ジャパン」になるという変化はあまりに不自然であり、これは下の記事にあるように「東方見聞録」での「ジパング」が日本のことだとされたことから来るものだろう。ならば、開国した後で、改めて「日本（にほん）」という名前を正式化すべきだっただろうが、欧化主義の明治政府（もともとイギリスが長州勢の背後にいたようだ）がそれをいい加減にしていたわけだ。
なお、私は今のNHKは大嫌いだが、その名前が、ちゃんと「日本放送協会」つまり「日本（にほん）」という呼称を用いていることは評価している。

（以下引用）

日本のこと英語で“JAPAN”といいますが、“JAPAN”という言葉の由来は何でしょうか？
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Madarame Yasuaki
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Ichinose Ayumi
さん (日本在住 (2010年〜現在)) が高評価しました執筆者は149件の回答を行い、59万回閲覧されています5年前
回答時の元の質問:何故日本は、英語では「日本（Nippon）」ではなく「 Japan 」と呼ばれるのでしょうか？






近現代においては、幕末の江戸幕府と大日本帝国と現代日本が、英語表記での正式な国号を「Japan」と決めたからです。

それが外交や国際条約などを経て国際的に浸透したので、国際政治でも一般的にも「Japan」と呼ばれるようになった訳ですね。

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なお、幕末の江戸幕府や大日本帝国が、英語表記の正式な国号呼称を「Japan」に決めたのは、江戸時代までの英語圏での表記は下記の由来により色々あったものの、概ね「Japan」が使われていたから、と思われます。

ちなみに、幕末の江戸幕府や大日本帝国は、実は漢字表記の正式な国号呼称を明確には中々決められず、長らく漢字表記の国号呼称と読みに複数の揺れがある状態でした。このことが、英語表記を「Nippon」に決められなかった理由の一つかと思われます。

こういった歴史と政治の経緯により、漢字表記の国で、漢字表記の国号呼称と英語表記の国号呼称が異なるのは、中国（China）と韓国（Korea）も同じだったりします。既に英語表記が国際社会で浸透していたので、そちらを漢字表記の読みより優先させた、という点でも、日本と同じです。

日本との違いは、「中国」と「韓国」は近現代での新しい国号である、ということですね。Chinaの由来が秦、Koreaの由来が高麗、と昔の王朝の名前が元なのに対し、Japanは由来と現在の国号が同じです。

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また、近世までの「Japan」の由来は色々な説があり、

①中国語の華北での「日本」の発音「Jihpen」（ジーベン）が由来

②13世紀の東方見聞録（マルコ・ポーロ）の日本紹介で「Zipangu、Jipangu」（ジパング）

③16世紀の東アジアのポルトガル商人の表記由来「Jampon」「Japoes」「Japam」「Japngos」

などが主なところです。

ただ、これらに共通しているのは、結局のところ中国語での「日本」の発音が由来であり、日本列島で「日本」という国号が決められたのは、7世紀後半となります。

よって、7世紀後半以降の古代日本と、当時の中国の王朝である唐との外交や交易を経て、「日本」という国号が中国側にも浸透していって上記発音が定着して、それが中世になって中国ベースの読みを今の「Japan」に近い形に変化させていきながら、欧州諸国にも広まっていった、と考えられます。